Quando você faz o checkout de um repositório subversion, não obtém todos os metadados. porque o Subversion não é distribuído como Git por exemplo. Então, eu tenho medo que você tenha perdido sua história, mudanças de revisão, etc.
Então, como você adivinhou, você precisará remover a metada .svn e apenas criar um novo repositório e confirmar tudo novamente.