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Um cenário realista seria identificar softwares "indesejados" e desinstalar scripts do software por meio dos Scripts de inicialização da Diretiva de Grupo. Você pode identificar a existência do software através de algum "marcador" que ele deixa (a presença de seu arquivo .EXE principal, uma entrada de registro na chave "Desinstalar" em HKLM, etc) e executar uma desinstalação.
A desinstalação de programas arbitrários será problemática. Desinstalar silenciosamente para trabalhar é bastante difícil, normalmente, e muito menos tentar executar rotinas de desinstalação aleatórias e esperar que elas "simplesmente funcionem". Eu acho que é um sonho.
Supondo que seus usuários não tenham direitos de "Administrador" (uma prática recomendada), você não deveria estar obtendo software instalado de forma persistente nas áreas específicas do computador. (Software como o Google Chrome, que é instalado no perfil do usuário, sempre será uma possibilidade.)
A Política de Restrição de Software / AppLocker também pode ser uma opção viável para você. Você poderia "whitelist" software conhecido e todos os outros softwares seriam impedidos de serem executados. Isso não é uma configuração fácil para acertar, mas eu vi o recurso usado com algum sucesso em ambientes onde os usuários executam um conjunto muito restrito de programas.