Use a opção -h para tar, por exemplo,
tar hcf archive.tar directory
gzip archive.tar
Parece-me que o tar no windows não entende os links simbólicos do diretório - ele os trata como pastas comuns que, no meu caso, levam à recursão infinita. 7-zip tem o mesmo problema. Você está ciente de alguma ferramenta gratuita que pode simplesmente fazer backup do diretório com links simbólicos apontando para o diretório pai e depois restaurá-lo em outra máquina? Ambas as máquinas são máquinas Windows: Windows Server 2008 e Windows Server 2012.
Use a opção -h para tar, por exemplo,
tar hcf archive.tar directory
gzip archive.tar