"Basicamente, eu só quero formatar e montar essas unidades"
Não vejo nenhum problema, vá em frente e particione e formate essas unidades. O utilitário cfdisk está apenas alertando sobre o formato da tabela de partição que ele não suporta, essas unidades usam GPT porque ele suporta partições maiores do que o formato tradicional de tabela de partições DOS.
Apenas reparticione com outra tabela de partição usando o cfdisk, ou use o GNU dividido como sugere, ou use o fdisk que funciona com o GPT também.