Uma das coisas mais importantes a lembrar é que o sistema de arquivos não se dá bem com metadados. Se houver mais de uma maneira de organizar os dados sem alguém consistentemente manter a estrutura, as coisas tendem a ficar um pouco confusas e mal colocadas. Eu tenho lidado com problemas como este há anos tentando obter a documentação do departamento de SI em ordem e isso não é nem mesmo sair para a população em geral. No meu último trabalho, levamos mais de três anos de ajustes para colocar nossos sistemas de arquivos em boas condições de funcionamento.
Se você realmente precisa ter essas "múltiplas visões", sugiro que você veja uma maneira de lidar com metadados para que a visão seja abstraída do conteúdo. Há muitas maneiras de lidar com isso, incluindo o SharePoint, vários wikis, etc.
A tentativa de fazer tudo isso diretamente no sistema de arquivos está causando problemas. Se você precisa ficar com uma solução de sistema de arquivos só pegue o que o cliente quer e esqueça o resto.