Sim, você pode selecionar o usuário de destino ao configurar um trabalho no Agendador de Tarefas. Está na seção "Opções de segurança" da guia Geral.
Screenshot do Windows 2008 R2:
No linux eu sei que você pode rodar arquivos com diferentes usuários facilmente, mas no Windows como você faz isso? Eu tenho que entrar com esse usuário? Posso rodá-lo com o sistema de agendamento? Eu preciso ser capaz de executar um arquivo de tipo de lote sob outro usuário.