Na minha experiência, qualquer uma das distribuições comuns deve funcionar bem. Eu usei o Debian e o Ubuntu Server, mas isso é apenas porque eu estou familiarizado. Essa é provavelmente a melhor resposta - fique com o que você sabe.
Se você não tem muita experiência em linux, o Ubuntu Server ou o CentOS são provavelmente escolhas decentes, já que possuem boa documentação e gerenciadores de pacotes.