Você pode fazer isso com alguns filtros sofisticados. A página man tem um bom exemplo disso, mas com um rsync recente (> = 2.6.7) você pode fazer algo como:
rsync -a source/ destination/ \
-f '+ /*/' \
-f '+ /*/home/***' \
-f '+ /*/var/' \
-f '+ /*/var/lib/' \
-f '+ /*/var/lib/mysql/***' \
-f '- *'
Em outras palavras, você lista quais diretórios deseja incluir em sua
sincronizar e, em seguida, excluir todo o resto. O curinga ***
é muito útil
mas se o seu rsync for mais antigo, você terá que substituir o filtro + /*/home/***
com os dois seguintes:
-f '+ /*/home/' \
-f '+ /*/home/**' \