Você precisa escapar da barra invertida usando \
e @ usando \@
(neste caso específico, não é necessário escapar do @
, pois é seguido por um dígito. Se for seguido por uma letra, será considerado como array).
system ("mount -t cifs //192.168.178.39/Backup/Data\ folders /mnt/Backup/ -o username=xyz.com/abc.admin,password=12345\@0312");
ou use aspas simples:
system ('mount -t cifs //192.168.178.39/Backup/Data\ folders /mnt/Backup/ -o username=xyz.com/abc.admin,password=12345@0312');