Sempre tive sucesso muito melhor inicializando o sistema físico com o USB ou CD "Parted Magic", visualizando o sistema com o Clonezilla (de dentro do PMagic) e restaurando na máquina virtual com o mesmo disco do Parted Magic.
Se você estiver migrando uma máquina Windows, o "mergeide" também pode ser bastante útil para você.
Mais sobre o mergeide: link