O binário precisa saber a localização do arquivo my.cnf na inicialização (um padrão será compilado). Você não disse qual prefixo de caminho você usou ao construir o mysql. Por sua vez, o arquivo my.cnf define os locais dos arquivos de dados.
Seria uma boa idéia usar um script de init SysV apropriado para gerenciar o servidor. Além de resolver o problema de iniciar o servidor na inicialização, você também terá um desligamento limpo quando o sistema for interrompido, você poderá configurar um comportamento sensato para diferentes níveis de execução e parar / iniciar o servidor mysql sozinho de forma gerenciada. E se você configurá-lo corretamente, ele funcionará bem com o SAM.
Há um exemplo aqui (observe que a localização de my.cnf é passada como um argumento para safe_mysqld) . Isso deve estar em /sbin/init.d com links apropriados (simbólicos) em /sbin/rcX.d (onde X é o nível de execução relevante). O processo é descrito aqui .