A principal desvantagem é o consumo de memória se você estiver em uma máquina com pouca memória e tiver um grande número de identificadores de arquivos abertos. Cada uma dessas alças de arquivo consome uma pequena quantidade de memória.
Hoje em dia, eu realmente não me preocuparia com isso. Eu apenas monitoraria e ajustaria conforme necessário.
Se você continuar a ficar sem identificadores de arquivo, há algo mais acontecendo que provavelmente não será resolvido com as informações apresentadas até agora.
Execute lsof -u mysql | wc -l
onde 'mysql' é o usuário do sistema mysqld.