você está misturando dois tópicos:
- sistema de arquivos / backup de dados
- gerenciamento de software e sistema
para a primeira parte da sua pergunta, a resposta mais comum neste caso é relativamente simples e posso sugerir a criação de um ou mais pontos de montagem em diferentes volumes ou partições do sistema de arquivos que você desejar. O perfil de instalação padrão para o Ubuntu fornece apenas uma partição raiz mais um espaço de troca, então quando você segue o assistente de instalação padrão você obtém seu sistema operacional que usa um total de 2 partições; uma abordagem melhor pode consistir na criação de um terceiro ponto de montagem para / home, portanto, todos os seus dados pessoais são armazenados em um disco separado ou em uma partição separada, você pode fazer isso para todo o seu ponto de montagem e pode conectar esse ponto de montagem como você deseja, para cada um e cada um em seu sistema ou em uma parte separada do seu disco rígido. Os conceitos básicos são bastante simples, dê uma olhada em documentos como este link sobre o fstab e as várias opções de montagem. p>
a resposta para a segunda parte da sua pergunta é mais complexa e envolve um profundo conhecimento sobre software e hardware e é praticamente impossível dar uma resposta específica a uma pergunta tão genérica. Por exemplo, não existe uma abordagem "padrão" para uma falha do sistema causada por um driver de vídeo defeituoso, você tem que investigar a falha ou você precisa saber como seu software e seu hardware funcionam para fazer a coisa certa a fazer.