Como o seu disco é particionado? Se /var estiver mais próximo do centro dos pratos do que /usr , será mais rápido para o disco executar operações de busca em /var do que em /usr ; se isso por si só está causando a perda de desempenho, é discutível.
Quanto a melhorar o desempenho novamente, não tenho certeza - há mais alguma coisa em /var que você possa mudar para dar espaço para o seu material MySQL voltar? Coisas como /var/db/pkg , /var/db/portsnap etc são boas candidatas aqui, uma vez que as ferramentas que as utilizam não se importam com os tempos de acesso a discos lentos.