Para este caso de uso, adicionaria uma condição de reconfiguração (RewriteCond) para ser explícita sobre em qual domínio você deseja impor a regra. Por exemplo:
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.newdomain.net [NC]
RewriteRule (.*) http://www.newdomain.com/$1 [R=301,L]
Dessa forma, se a condição não for atendida, seu redirecionamento não será acionado. Observe também que estes podem ser encadeados, então você pode atribuir várias condições.
Veja o link para mais informações. Coisas muito úteis à espreita nessa página.