Verifique se as configurações de DNS no novo DC; verifique se está consultando um servidor DNS local e pode resolver os nomes dos outros servidores. O fato de você poder resolver seu nome não significa que ele possa resolver os nomes dos outros CDs, e é provável que esse seja o problema.
É possível que ele possa resolver os nomes dos outros servidores usando o NBNS ou o WINS, mas não o DNS, ou o contrário.
Editar: pela saída que você adicionou acima, está claro que o problema está no DNS. Verifique os logs em seus servidores DNS quanto a atualizações com falha, e assegure-se de que o novo servidor tenha permissão para fazer alterações de DNS (embora, como um DC, ele possa fazer isso). O problema não é que o nome do servidor não esteja resolvido, mas que o registro SRV não está funcionando.
Você pode usar o dig (fornecido com o BIND, o daemon de nome unix, mas há uma versão do windows flutuando em algum lugar) para verificar o que você obtém para IN SRV e IN A 312ce6ea-7909-4e15-aff6-45c3d1d9a0d9._msdcs. server.edu em cada um dos seus servidores DNS.