A primeira parte (fácil) da resposta é VLANs e ACLs. Ai está; essa é a sua orientação geral.
O restante depende exatamente de quais requisitos de PCI você se encaixa. Você pode precisar implementar um IDS / IPS - talvez não. Você pode precisar implementar algo como o Tripwire - talvez você não.
Portanto, você deve contratar uma equipe qualificada de serviços de TI, com experiência em PCI. Para este tipo de auditoria, você precisa saber o que fazer e explicar por que isso se encaixa nos critérios de auditoria.
/ Edit - Pode ser mais barato substituir os PCs que lidam com transações de cartão de crédito com leitores de cartão do que tentar trazer sua LAN para a especificação PCI. Claro, há uma série de coisas dentro dessa especificação que são boas práticas de qualquer maneira. Então, sim - contrate alguém que possa aconselhar e implementar suas listas "Eu tenho" e "Eu quero".