Você pode criar um host virtual padrão para atender às solicitações de domínios não configurados e fazer o que quiser com essas solicitações. Algo parecido com isto:
# Default vhost
server {
listen 1.2.3.4:80 default_server;
server_name _;
location / {
return 404;
}
}
# site1.com
server {
listen 1.2.3.4:80;
server_name site1.com;
...
}