Você também desejará que os servidores apresentem as mesmas informações de SOA, particularmente o número de série da zona. Isso pode não ser possível, pois é improvável que você consiga controlar isso com esses provedores.
Na verdade, você não está comprando nada para que ele seja dividido assim - é melhor mudar tudo de uma vez.
Configure todos os registros nos servidores da Amazon, depois mude o domínio para apontar para eles. Levará algum tempo para os clientes desligarem completamente os servidores GoDaddy, mas, independentemente de um resolvedor ter armazenado em cache a antiga delegação GoDaddy ou alternar para a nova delegação da Amazon, eles terão resolução de nome de trabalho - e você não apresentar informações potencialmente conflitantes de dois registros SOA diferentes.