Como não é possível colocar outra NIC no servidor, o que você pode fazer é executar um tronco até o servidor e adicionar interfaces virtuais para que você tenha as duas VLANs configuradas no servidor. Como você não especificou o tipo de servidor que está executando, não posso dar muito mais instruções além da ideia básica.
O que você precisa para conseguir isso é:
- Switch gerenciado
- Suporte do SO para VLANs
- Qualquer distrobution moderna * nix
- Suporte de driver NIC em um ambiente de janela (normalmente encontrado apenas em NICs de classe "Server")
Alternativamente, você pode redesenhar sua rede de modo que o servidor esteja em sua própria vlan e você limite o acesso via roteamento e / ou regras de firewall na camada de rede.