Se usuários normais do sistema forem usados, você simplesmente usa os utilitários do sistema: adduser, usermod, useradd, userdem, deluser, etc
Se os usuários virtuais estiverem ativados, os usuários serão gerenciados no arquivo definido pela diretiva AuthUserFile e pelos grupos no AuthGroupFile. O formato é semelhante ao arquivo passwd do sistema e ao arquivo de grupo. Você pode saber mais no link