Todas as abordagens finalmente resultarão em uma operação repetida de leitura no contador. Normalmente, você não redefiniria os contadores (apenas pelo motivo mencionado - você pode perder a conta devido a uma condição de corrida), mas comparar os valores coletados com os da amostra anterior.
Mas como você já está usando o tcpdump para salvar seus dados de conexão, você pode usar algo como tcptrace em modo de gráfico para visualizar seus dados.
E se você simplesmente precisar rapidamente de alguns dados de throughput / número de pacotes, você pode simplesmente usar tcpstat 1