Na página man do (rsync na minha caixa do OpenBSD 4.9):
There are two different ways for rsync to contact a remote system:
using a remote-shell program as the transport (such as ssh or rsh) or
contacting an rsync daemon directly via TCP.
O ponto é que eu acredito que você pode usar o rsync para conectar usando a primeira configuração mencionada acima (programa shell remoto como o transporte) e obter um currículo interrompido de graça fazendo algo assim:
$ rsync -r -h -P -e "ssh -p 1234" user@host:/my/huge/file anotherUser@anotherHost:/destination/
[Nota sobre os switches: -r para recursivo, -h para legível por humanos, -P para -partial (mantém arquivos parcialmente transferidos) e -e para especificar o shell remoto a ser usado. Você também pode usar --partial-dir = DIR se quiser se interessar.]
e sob este cenário você não precisa ter um servidor rsync em execução na caixa do Windows - apenas um servidor ssh. Existem muitos servidores ssh para escolher que você pode usar na plataforma Windows (sugiro massa uma vez que isso tem a configuração da GUI familiar para ganhar pessoal).
Eu também usaria o md5 para fazer o hash do seu arquivo e comparar o md5 do arquivo transferido para ter certeza de que seu arquivo foi transferido corretamente e continuar disparando um script que mantenha rsyncing do lado do linux até você ter o arquivo corretamente transferido na caixa de vitória.