Da sua saída lsof , você tem o número PID do processo que tem a porta aberta. Do ps -AH para ver uma lista hierárquica de processos e procurar por esse% específico PID . Esse processo será recuado 'abaixo' de outros processos, varrer a árvore até encontrar o processo pai (se você atingir init você foi longe demais, volte um nível abaixo).
Depois de identificar o processo pai, você poderá interromper esse processo usando os scripts init da sua distribuição.