A solução que acabei usando foi colocar a consulta em um "documento aqui". Este script bash foi então implementado com o cron. Para mais informações, confira este link: link
E no caso de o link ficar inativo, aqui está um trecho do código de amostra:
#! /usr/bin/env bash
# execute some bash scripting commands here
mysql mydatabase <<SQL_ENTRY_TAG_1
SELECT *
FROM mytable
WHERE somecondition='somevalue';
SQL_ENTRY_TAG_1
# execute other bash scripting commands here
mysql mydatabase <<SQL_ENTRY_TAG_2
SELECT *
FROM myothertable
WHERE someothercondition='someothervalue';
SQL_ENTRY_TAG_2