Você deve ser capaz de usar OpenShot para fazer isso:
Basta arrastar o arquivo do seu CD de vídeo para o OpenShot; Deve converter tudo automaticamente. Eu não tenho um Video CD para testá-lo, mas como o padrão do Video CD exige que ele use o MPEG-1, tenho certeza de que ele funcionará bem.
Você usará a ferramenta Razor (3) para dividir seu vídeo em vários clipes, excluir os indesejados e movê-los conforme desejar.