Toda a configuração do IIS para o IIS6 está em c: \ windows \ system32 \ inetsrv \ metabase.xml. Basta procurar o nome do seu site e você deve ir para a seção web (passar da seção FTP se você parar por aí primeiro). Obtenha o ID do caminho e continue pesquisando por {id} \ até encontrar os detalhes do diretório virtual.
No IIS7, ele está em c: \ windows \ system32 \ inetsrv \ config \ applicationHost.config, desde que a configuração compartilhada não esteja habilitada. Você pode confirmar isso procurando em c: \ windows \ system32 \ inetsrv \ config \ redirection.config.