Isso ocorre porque os objetos no servidor não foram excluídos - eles acabaram de ficar órfãos. Infelizmente, executar git gc --prune=now
localmente não afetará o servidor remoto. A boa notícia é que a idade de remoção padrão é de duas semanas e o GitHub executa isso periodicamente. Isso significa que quaisquer blobs / commits órfãos com mais de duas semanas serão removidos.
Se você quiser que os binários extras sejam removidos imediatamente, você pode ir em frente e excluir / recriar o repositório no GitHub. Certifique-se de coletar lixo antes de enviar para o novo repositório. Espero que isso ajude!