Eu não me incomodaria. Pode haver alguns casos de borda que possam ser importantes para o desempenho do FW (por exemplo, se você tiver milhares de regras, fwmarks complexas, etc., executando para uma interface não usada).
Eu implementei firewalls altamente disponíveis usando vlans, heartbeat e iptables. Nesse caso, o firewall em espera tem todas as regras carregadas, embora não possua nenhum dos IPs (no entanto, criamos os dispositivos vlan antes do tempo).
Além disso, se você carregar todas as regras do FW de um script e depois liberar apenas as regras para uma única interface, precisará recarregar todas as regras para restaurar a interface. Isso interromperá suas conexões estabelecidas desnecessariamente.