Em relação ao problema do Apache, uma causa possível é que sua configuração MaxClient / MaxServer é muito alta. Quando você começa a aumentar o tráfego, você usa toda a sua memória RAM e faz com que o Apache comece a usar o swap, o que rapidamente matará seu desempenho. Da próxima vez que você tiver o problema, verifique a saída de top / free e veja se alguma troca está sendo usada. Se estiver tentando reduzir os valores de MaxClient / MaxServer.
Eu também tive um problema com o Apache 1.3 onde algumas conexões nunca fechavam e depois de alguns dias haveria 90% das conexões sem fazer nada, não deixando clientes para manipular novas conexões de entrada. Eu resolvi isso simplesmente reiniciando o Apache todos os dias. Pelo que parece, você não tem tráfego ou tempo suficiente entre os problemas para que isso seja uma causa provável.