Aqui está o problema. Da perspectiva dos administradores de sistemas, o Java significa algo inteiramente diferente da perspectiva dos desenvolvedores (embora eu possa argumentar que este é um excelente ponto para a filosofia de DevOps mostrar sua cabeça ... mas eu discordo).
Você, como SA, está preocupado com um escopo mais restrito do que os desenvolvedores. Essencialmente, você precisa se familiarizar com as complexidades da JVM (ou seja, coleta de lixo e ajuste). Também é provável que você queira entender o que o Application Server da sua empresa em particular usa (JBoss, Tomcat (que não é um servidor de aplicativos em si, mas um contêiner de servlet), Web Sphere, etc.).
Também passe algum tempo com os desenvolvedores e descubra a visualização de 30 mil pés de como o aplicativo funciona. Você não precisa ler Java, mas deve entender como o aplicativo funciona e o fluxo de dados através dele.
Boa sorte.