Parece que o hMailServer ( site oficial / página da Wikipedia ) serviria perfeitamente às suas necessidades.
Ele usa um banco de dados para armazenar sua própria configuração e dados de índice de correio. Isso pode ser feito usando as ferramentas padrão fornecidas pelo seu mecanismo de DB escolhido.
Os dados de e-mail, ou seja, as mensagens de e-mail reais, são armazenados como formato MIME bruto, ou seja, texto simples e você não deve ter problemas para fazer backups disso.
Ele tem integração do AD para que seus usuários não precisem se lembrar de outra senha.