Isso grita esgotamento de recursos de algum tipo. Se este fosse um host Linux, eu estaria pensando: "isso soa como uma carga de IO-Wait". Verifique os monitores de desempenho do nível do sistema operacional como mfinni apontado. Você tem duas áreas que podem ser de garrafa, e isso é o desempenho do disco lógico / físico e o desempenho da rede na conexão de rede iSCSI. PerfMon pode lhe dar isso. Eu não conheço o HyperV, mas se é algo parecido com o VMWare, você tem algumas métricas de desempenho no lado do Hypervisor que você pode ver também. Faça isso.
Como uma teoria , meu palpite é que o nível muito alto de atualizações de metadados que você está fazendo está causando uma latência inerente na sua pilha iSCSI para ampliar. Isso, por sua vez, elimina outras solicitações de E / S ou de metadados, o que resulta nos sintomas que você descreve, outros processos podem obter uma palavra no meio, já que os blocos da MFT estão sendo martelados por esse outro processo. O próprio iSCSI pode causar isso, mas a camada da VM provavelmente está adicionando seus próprios atrasos internos. Se esse for realmente o problema, convém considerar a apresentação do iSCSI LUN ao hipervisor e apresentá-lo à VM; Dessa forma, você não está contando com um adaptador de rede virtualizado para iSCSI, mas sim com um físico.
Editar: Parece que você provavelmente tem esse tipo de falha em suas mãos. Os contadores do PerfMon aos quais presto atenção são "Bytes enviados / s" e "Pacotes enviados / s" para a interface que executa a conexão iSCSI. A combinação dos dois deve dar-lhe o tamanho médio do pacote. (alternadamente, se você tiver a habilidade, lançar um sniffer no loop e ver como os pacotes se parecem no switch de rede. Este é o método mais confiável se você puder fazer isso) Se o tamanho do pacote for bem pequeno (digamos, sob 800 bytes), então não há muito o que fazer sobre isso além de descer para o nível TCP e ver que tipo de otimizações podem ser feitas entre os nós do cluster e o destino iSCSI. O Server 2008 é exigente com suas configurações de TCP, portanto, pode haver ganhos a serem feitos aqui.