Parece que você está fazendo os backups em uma pequena parte de um disco rígido, possivelmente em uma unidade compartilhada. Isso não é um backup, é um desastre esperando para te morder onde dói.
Você realmente deve estar olhando para um sistema de backup adequado. Ou seja, algo que vai fazer backup de tudo que você precisa e permitir que você tire isso da coisa que está sendo copiada, com a minha preferência sempre sendo gravada. Se a empresa não puder ou não pagar por tal sistema, pelo menos, tente convencê-los a permitir que você compre alguns discos rígidos externos para esse fim (girá-los e não confiar em nenhuma cópia). Embora eu deteste discos rígidos para backup, eles são muito melhores do que nada e, se forem externos, você pode pelo menos atender ao requisito de separá-los da origem.
Acima de tudo, teste seus backups, independentemente do método escolhido para realizá-los.