Is there a way to limit one of the databases to less processing power?
Não.
2008 - sim (Governador de Recursos). Infelizmente, esse é um novo recurso em 2008. Sugiro uma atualização para o 2008 R2.
One database is tied to an application that likes to spike the I/O and processor to high levels
A maioria dos aplicativos deve fazer isso - não necessariamente OFTEN, mas o SQL Server gosta de usar toda a CPU para concluir uma consulta complexa o mais rápido possível.