Sim, definitivamente - o kernel cryptoapi do Linux (que é usado pela funcionalidade IPSEC do kernel e, portanto, a maioria das ferramentas IPSEC do OSS no Linux - strong / openswan, racoon / ipsec-tools) tem suporte às instruções do Intel AES desde ~ 2.6.30.
CONFIG_CRYPTO_AES_NI_INTEL
é a opção de configuração do kernel para procurar.