Meu primeiro problema foi que o arquivo em lote não executava meu programa. Isso acabou sendo um problema com espaços no caminho. Eu não conseguia descobrir como escapar deles, então eu usei apenas nomes curtos. (por exemplo, c: / progra ~ 1 / em vez de c: / arquivos de programas /)
segundo problema foi definir a afinidade. Acontece que o sinalizador de afinidade no comando iniciar leva números hexadecimais. o software ainda não funcionou, mas isso tem a ver com o software. Está sendo corrigido pelo desenvolvedor agora. (yay!)
No que diz respeito ao software não ser multiencadeado, acho que o Windows faz algum balanceamento de carga, porque se você configurá-lo manualmente para usar todos os processadores, o software usa todos eles e vai mais rápido.