Eles são independentes da plataforma, mas existem diferentes maneiras de empacotar um certificado. Veja a seção de extensões de arquivos de certificado desta página. link
Você mesmo pode converter entre esses formatos, mas os provedores de SSL gostam de fazer isso para você e fornecer o formato de que você precisa. É por isso que eles perguntam qual é a sua plataforma alvo. Eu sei que com o GoDaddy você pode baixar o seu certificado em qualquer formato na hora, uma vez que ele foi emitido. Não tenho certeza se os outros CAs SSL fazem isso dessa maneira.