Um pouco mais de escavação e responderei a minha própria pergunta.
Como o Zend Framework vem com o Zend Server CE, o Zend Server CE possui um include_path padrão
.:/usr/local/zend/share/ZendFramework/library:/usr/local/zend/share/pear
Portanto, o aplicativo Zend deve ver isso em vez da minha pasta library/Zend
. Para resolver isso basta redefinir o include_path, no topo do seu arquivo index.php
inclua este
set_include_path('.');
Depois, você quer ter as pastas Zend e ZendX na pasta /library
do seu aplicativo (ou criar links simbólicos).