Eu acredito que a única coisa que deve acessar diretamente o / etc / hostname é o script de inicialização /etc/init.d/hostname.sh.
Sua configuração do apache pode depender do nome do host ser uma coisa certa. Quando você configura o apache, você usou endereços IP em sua configuração ou o nome que estava em / etc / hostname.
Se você tiver uma configuração de servidor de e-mail, também poderá estar usando o nome de / etc / hostname. Embora localhost.localdomain seja o que está em / etc / hostname, suspeito que seu sistema de e-mail já esteja parcialmente quebrado.
Acredito que seja seguro alterar o arquivo. Mude o arquivo, execute /etc/init.d/hostname.sh e reinicie todos os serviços que você está executando como o apache. Se houver problemas, a correção deve ser apenas uma edição menor de alguns arquivos de configuração.
Se você é realmente paranóico, pode copiar o sistema de produção para uma VM, fazer a alteração na VM e depois ver o que quebra. Se você ainda não tem um ambiente de teste, pode ser um bom momento para configurar um.