Sim, seria interessante ter um recurso semelhante a "pastas" que poderia ajudar na organização de sites, se você tiver centenas deles em um único servidor. Até onde sei, não há como fazer isso no Gerenciador do IIS.
Pelo menos o gerenciador do IIS 7 permite filtrar (nomear) e agrupar os itens por status, endereço IP, protocolo ou porta. Isso não era uma opção no Windows Server 2003.
Minha solução é ter uma convenção de nomenclatura muito rigorosa. Incluímos o tipo / categoria do site, o nome do cliente e até mesmo o cabeçalho principal do host no nome, para poder classificar a lista e facilitar a localização de sites únicos.
Espero que alguém da Microsoft esteja escutando.