Nas versões do Windows pós Vista, você só precisa limpar a pasta
%userprofile%\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Recent
Quanto a um script para fazer isso, você poderia usar um shell de comando antigo regular (.cmd)
del /F %USERPROFILE%\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Recent\*.lnk
Ou no PowerShell (graças a @ alastairs 'comment )
Remove-Item -Force "${env:USERPROFILE}\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Recent*.lnk"