Tente usar o ppa-purge para esse tipo de coisa. Fazer os seguintes passos em um terminal deve levar você aonde você precisar.
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/gnome3
sudo apt-get update
sudo apt-get install ppa-purge
sudo ppa-purge webupd8team/gnome3
Aproveitamos para adicionar o webupd8 PPA novamente, porque o ppa-purge precisa descobrir o que está no PPA. O próprio ppa-purge remove o PPA e substitui tudo o que você obteve de lá com a versão original do Ubuntu.