Você não poderá iniciar o IE sem o usuário logado. Pls, forneça mais informações porque você precisa iniciar o IE, e talvez possamos oferecer outra solução.
Se a sua tarefa for fazer o download de algo de algum lugar, investigue usando curl e wget . Ambos os programas são portados para windows e fornecem opções poderosas para fornecer um nome de usuário e senhas, criar cabeçalhos, etc. Eu diria que o curl é o caminho a ser seguido, pois é especificamente escrito com scripts em mente.