Estas são muitas perguntas e devem ser realmente feitas como tal. Mas vou fornecer uma resposta genérica de qualquer maneira.
Existem strongs mudanças subjacentes no 11.10, após a mudança para o Gnome 3. A criação de Theming se tornou muito mais fácil, porque agora é apenas CSS, que é o mesmo que todos os sites usam para definir aparências. Isso significa que muito mais pessoas poderão criar temas, por isso esperamos ver alguns mais arrojados no futuro. Infelizmente, isso também significa que os temas antigos não funcionam.
Os temas são apenas uma das muitas coisas que foram atualizadas no Gnome 3 e, portanto, no Ubuntu 11.10. O sistema de configuração em si é um deles, o que significa que algumas configurações não estão mais disponíveis e novas foram adicionadas. Aplicativos de inicialização é uma área que foi alterada para se tornar mais amigável. As aplicações podem escolher se devem aparecer na lista ou não, por exemplo. Isso reduz a desordem desnecessária.
Esta é uma grande atualização, muito maior do que qualquer outra na história da Ubuntus. Na verdade, não há mudanças como essa há mais de dez anos, caso você tenha se juntado ao Ubuntu em 11.04 e ache que é um pouco perturbador com mudanças tão grandes. Eles acontecem muito raramente, e você pode esperar não ver mudanças como essa por muitos anos. Tem sido muito importante que isso seja feito agora por causa da versão LTS que está prevista para abril e será suportada por um longo tempo e vendida com novos computadores, etc. Por causa disso, alguma coisa pode ser um pouco sem polimento e ainda há algumas arestas. O bom é que toda a tecnologia está agora no lugar, e agora é hora de polir e corrigir problemas menores.