Eu estava tendo exatamente o mesmo problema. O upmixing de 2.0 para 5.1 não estava funcionando depois de alterar a faixa manualmente em qualquer player / programa. A correção sugerida funcionou temporariamente, até que uma faixa diferente seja escolhida manualmente. Mas, felizmente, encontrei uma solução melhor e permanente. Tente isto:
sudo gedit /etc/pulse/daemon.conf
enable-lfe-remixing = yes
Espero que isso funcione para você também.