Parece o seu problema com o arquivo init errado. Normalmente nginx
instala a partir do RPM e nenhum arquivo adicional é necessário. Em seu link metioned, que o arquivo init testou no CentOS 5, mas você está usando o CentOS 6, onde ele não foi testado. Tente remover este arquivo init e reinstalar o nginx do RPM ou repositório, ele deve instalar um bom arquivo init.
Se você não quiser fazer isso, tente copiar o arquivo init de . É cópia do arquivo init do instalado no nginx do CentOS 6.