O número de diretivas definitivamente afeta o desempenho do servidor da Web e, portanto, o tempo de carregamento da página. Como você observou, o desempenho, colocando essas diretivas no httpd.conf, é preferível, já que essas diretivas são analisadas uma vez, enquanto as diretivas .htaccess são processadas para cada solicitação para esse diretório ou para um item filho dentro de um subdiretório.
A diferença de desempenho é geralmente insignificante (milissegundos) para muitos sites pequenos. No entanto, se o seu site tiver muito tráfego ou se estiver em um servidor da web compartilhado com vários outros sites que agregam para uso / volume intenso, a degradação do desempenho pode ser mais observável.
Não há nenhum número "recomendado" de diretivas, mas uma boa regra geral para um ambiente de hospedagem compartilhada é adicionar apenas as diretivas que você precisa .htaccess. O cpanel do seu provedor de hospedagem pode frequentemente incluir opções de configuração de aplicativos do servidor web no nível httpd.conf para coisas como:
- Manipuladores de tipo
- Expiração do cache
- Permissões (listagens de diretório)
- Compressão
Esta postagem também discute mais sobre considerações de desempenho: link