Uma instância é o bloco de construção básico de seu aplicativo do Google App Engine e refere-se a uma máquina que executa uma versão do seu código em um dos serviços que compõem seu aplicativo do App Engine. Um dos recursos do Google App Engine é a capacidade de ampliar ou reduzir seu aplicativo para atender à demanda. Isso é feito criando e encerrando instâncias de acordo com a configuração de dimensionamento selecionada ao implantar seu aplicativo.
Como você diz que está concorrendo com as 12 conexões por limite de instância, presumo que isso signifique que o Google App Engine determinou que sua instância deve ser capaz de lidar com mais de 12 solicitações de uma só vez. Para evitar esse cenário, você deve definir max_concurrent_requests para 12 ou menos em seu app.yaml e certificar-se de encerrar todas as conexões de maneira limpa quando terminar com elas. Dessa forma, nenhuma instância única deve tentar usar mais de 12 conexões de banco de dados ao mesmo tempo.
Observe que essa restrição é aplicada apenas ao ambiente padrão do Google App Engine, o que significa que uma instância é executada no site O ambiente não estaria sujeito a esse limite de conexão por instância e poderia manipular corretamente as conexões até que a criação de outra instância seja considerada necessária pelo App Engine.