Você está comparando um banco de dados local com um nó conectado à rede. Simplesmente negociando uma conexão TCP, o processo de autenticação e a transferência de dados podem facilmente consumir esses 90ms em muitos cenários. Você pode mitigar esses resultados implementando pools de conexão no lado do cliente, mas a latência de rede para transferência de dados ainda será aplicada.
Você também deve ajustar sua instância do RDS para sua carga de trabalho, pois as configurações padrão do RDS são bastante genéricas e não se ajustam a todos os casos de uso. Cache de consulta, tempos limite de conexão, nível de isolamento de transação ... todos eles podem impactar brutalmente suas consultas toda vez que seu desempenho de destino estiver no nível de ms de dígito único.
Lembre-se de que o RDS nada mais é do que um software SQL padrão executado em instâncias do EC2. Se você implantar uma instância do EC2 em seu VPC e instalar o MySQL para executar suas consultas em sua instância do Magento, deverá esperar o mesmo desempenho de consulta sempre que implantar uma configuração do EC2 + EBS com recursos comparáveis à sua instância do RDS. Pela minha experiência, o RDS e o MySQL no EC2 fornecem o mesmo desempenho, o RDS "simplesmente" automatiza as tarefas típicas de operação do sistema.